יפו הקדומה
ראשיתה של יפו כישוב מיושב החלה על פי שרידים ארכיאולוגיים בתקופת הברונזה, אך עדויות היסטוריות על יפו נתגלו לראשונה בכתובים מצריים מהמאה ה-15 לפנה"ס.
כל ישוב בעת העתיקה היה זקוק לצורך קיומו ב-4 תשתיות עיקריות לצורך להישרדותו: מים, הגנה, דרכים וחקלאות ועל כן ביפו הם באים לידי ביטוי כאשר המים נמצאים בשפע בעומק של כ-3 מטרים בלבד כמי תהום גבוהים, הנאגרים ממימיו של נחל איילון הנשפך לים בסמוך ליפו.
מערכת הגנה על הישוב מתאפשרת בקלות היות והישוב נמצא על גבעה המורמת במרחב וניתן לבנות סביבה חומות.
הבקעה המשתרעת למרגלות הישוב ברוכה באדמה פורייה ולכן לא הייתה שום בעיה לטפחה ולעבדה למטרת גידולים.
מבחינת המושג דרכים, הישוב ממוקם בסמוך לדרך שחוצה את הארץ לרוחבה, מיפו דרך רמלה, עמק איילון, אל ההר ודרך נוספת היא הדרך הבינלאומית שהיא דרך אורך, מעזה דרך יבנה, רמלה וצפונה.
אך היתרון החשוב מכולם היה בהיותה סמוכה למוצא לים וזאת בזכות הנמל שבתחומה ובכך נהפכה יפו לעיר חשובה ביותר.
בעת הקדומה השיט מיוון וטורקיה למצרים וחזרה, עת מצרים היוותה אסם תבואה גדול וצרכן גדל של שמנים, לא חצו את הים, אלא היו שטים לאורך החופים במפרשיות קטנות ועוברים מנמל לנמל לאורך החוף: צור, צידון, עכו, עתלית, דור, מגדל סטרטון-קיסריה אפולוניה ולבסוף יפו שהיה הנמל אחרון עד מצרים וזאת משום שאין מפרצים ונמלים עד מצרים ועל כן, יפו הפכה למוקד חשוב במסלול השייט העתיק.
מיקומו של הנמל בעת העתיקה היה כנראה בצד הצפוני של הישוב, אך בעקבות רעידות אדמה, קו החוף בארץ השתנה מקו ישר לקו קצת כפוף, עם ברך ביפו שבו החלק הדרומי של חופי הארץ סוטה מערבה בכ-30 מטר מהחוף הצפוני, תהליך טבעי שיצר היתכנות לנמל טבעי, שמהלך השנים, חפרו בו לעומק, על מנת לאפשר עגינה לספינות גדולות יותר.
מקור השם יפו נובע כפי הנראה מהאגדה על יפת בנו של נוח, שייסד את העיר אחרי המבול ולכן היא נקראת על שמו, בכל אופן החל מ-1,500 לפנה"ס כבר מכירים אותה בשם יפו.
במקרא יפו נזכרת בספר יהושע כחלק מנחלת שבט דן "לְמַטֵּה בְנֵי-דָן, לְמִשְׁפְּחֹתָם, יָצָא, הַגּוֹרָל הַשְּׁבִיעִי. וַיְהִי, גְּבוּל נַחֲלָתָם--צָרְעָה וְאֶשְׁתָּאוֹל, וְעִיר שָׁמֶשׁ...מֵי הַיַּרְקוֹן, וְהָרַקּוֹן; עִם-הַגְּבוּל, מוּל יָפוֹ." בספר דברי הימים, יפו היא עיר הנמל שאליה הגיעו עצים מצור ומצידון לבניית בית המקדש הראשון, כמו שאמר מלך צור לשלמה המלך "וַאֲנַחְנוּ נִכְרֹת עֵצִים מִן-הַלְּבָנוֹן, כְּכָל-צָרְכֶּךָ, וּנְבִיאֵם לְךָ רפסודת, עַל-יָם יָפוֹ; וְאַתָּה תַּעֲלֶה אֹתָם, יְרוּשָׁלִָם"
על בריחת יונה הנביא לתרשיש מוזכרת יפו כנמל המוצא "וַיָּקָם יוֹנָה לִבְרֹחַ תַּרְשִׁישָׁה, מִלִּפְנֵי יְהוָה; וַיֵּרֶד יָפוֹ וַיִּמְצָא אֳנִיָּה בָּאָה תַרְשִׁישׁ, וַיִּתֵּן שְׂכָרָהּ וַיֵּרֶד בָּהּ לָבוֹא עִמָּהֶם תַּרְשִׁישָׁה, מִלִּפְנֵי, יְהוָה."
ספור יונה חשוב מאוד לנוצרים כיוון שיונה מהווה סמל לחזרה בתשובה ומהווה מושג בשם פרה-פיגורציה (דמות מהברית הישנה שמסמלת מישהו שעתיד לקרות בברית החדשה) כלומר, יונה הנביא חי ואז נעלם, טבע בים, מאין סוג של מת, נעלם ל-3 ימים ואז חוזר וקם לתחייה וזה תואם במדויק את התהליך עבר על ישוע, עת נצלב, מת ל-3 ימים ואז חזר לתחייה, כלומר, יונה הוא פרה-פיגורציה לסיפור ישוע.
על פי הברית החדשה, פטרוס שהיה מתלמידיו של יהושע לן אצל שמעון הבורסקאי שמקום מגוריו ביפו ומהווה עד היום אתר שנכלל במהלך סיורי הנוצרים בעיר.
בתלמוד מוזכר שמה של יפו מתוך הסיפור על ניקנור, שהיה יהודי מאלכסנדריה שהכין שתי דלתות עשויות מעץ ומכוסות נחושת עבור בית המקדש של הורדוס.
ניקנור העלה את הדלתות על ספינה ויצא בדרכו להביאן ליפו, אך בדרך התחוללה סערה גדולה והאונייה כמעט טבעה ולכן החליטו הספנים לזרוק את הדלתות לים, זרקו דלת אחת לים ובעת שרצו לזורק את הדלת השנייה, ניקנור אמר שיזרקו אותו עם הדלת, אך זאת המלחים לא העזו לעשות, אך לפתע נעשה נס והים נרגע.
ניקנור ביכה את הדלת שנזרקה, אבל כשהגיע ליפו ראה שהדלת שנזרקה צפה בנמל יפו משו אותה המלחים מהמים והעלו אותן בשמחה לבית המקדש, שם הנציחו את שמו של ניקנור על השער לבית המקדש.
קברו של ניקנור נמצא בחפירות במתחם האוניברסיטה העברית בהר הצופים, עליו כתוב ביוונית 'קברו של ניקנור עושה הדלתות'.
במהלך ההיסטוריה לא תמיד נמל יפו היווה אתר חשוב, למשל בתקופה הרומית עת קיסריה והנמל שבה היוו את מרכז החיים בא"י וכן בממלכת הצלבנים השנייה בשעה שעכו הייתה העיר המרכזית ויפו הייתה נמל משני.
ברוב התקופות שירושלים הייתה חשובה, גם יפו הייתה חשובה, כי היא היוותה את הכניסה הקרובה מהים לירושלים.